%0 Thesis
%9 Skripsi
%A Khoirul Anam, NIM. 12640013
%B FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
%D 2019
%F digilib:34462
%I UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA
%K Fenantrena, RT-PCR, Degradasi, Gen phnB, Rhizosfer, Setaria palmifolia
%P 65
%T DETEKSI KEBERADAAN BAKTERI PENDEGRADASI FENANTRENA DARI TANAH TERCEMAR PADA RHIZOSFER Setaria palmifolia BERDASARKAN METATRANSKRIPTOMIK
%U https://digilib.uin-suka.ac.id/id/eprint/34462/
%X Pertumbuhan penduduk yang terus meningkat secara tidak langsung berdampak pada meningkatnya jumlah polusi di lingkungan. Polutan yang menjadi perhatian dewasa ini adalah fenantrena, yaitu suatu senyawa yang termasuk dalam kategori Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAH) dan bersifat karsinogenik. Banyak bakteri diketahui mampu mendegradasi fenantrena menjadi senyawa atau bahkan unsur yang non-toksik, namun hanya sedikit yang mampu dikultivasi dengan teknik standar. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh RNA total hasil isolasi langsung sampel tanah pada rhizosfer Setaria palmifolia serta mengetahui ekspresi gen phnB pada bakteri tanah yang terlibat dalam degradasi polutan fenantrena. Sampel tanah diambil dari tiga tempat yang berbeda, yaitu dari bantaran Sungai Gajahwong, Sungai Code dan Sungai Opak. Isolasi RNA total menggunakan gabungan dua metode isolasi yang berbeda. Pada tahap selanjutnya metode yang digunakan adalah Reverse Transcription and Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dengan primer yang didesain berdasarkan gen phnB. Data dianalisis menggunakan perhitungan konsentrasi serta kemurnian RNA hasil isolasi dari sampel lingkungan dan melihat kemunculan ada tidaknya amplikon yang dihasilkan dari amplifikasi gen phnB pada visualisasi gel doc. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari ketiga sampel tanah yang diuji (Sungai Gajahwong, Sungai Code dan Sungai Opak) secara berturut-turut menghasilkan nilai konsentrasi RNA total sebesar 38,42 μg.mL-1, 46,90 μg.mL-1, dan 53,25 μg.mL-1, serta nilai kemurnian ∞/2,10; 1,78/1,29 dan 1,30/∞. Berdasarkan hasil pengamatan dan perhitungan panjang pita DNA pada hasil gel doc menunjukkan besar amplikon yang berbeda dari ketiga sampel yaitu pada sampel Sungai Gajahwong sebesar 177 bp, serta pada sampel Sungai Code dan Sungai Opak sebesar 193 bp, yang dimungkinkan berasal dari mayoritas bakteri gram positif. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa terdapat sejumlah komunitas bakteri pendegradasi fenentrena di area rhizosfer Setaria palmifolia.
%Z Jumailatus Solihah, M.Biotech