TY  - THES
N1  - Pembimbing : Jumailatus Solihah, M.Biotech
ID  - digilib43921
UR  - https://digilib.uin-suka.ac.id/id/eprint/43921/
A1  - Rizki Aditya Riyanti, NIM.: 13640012
Y1  - 2020/09/25/
N2  - Padi adalah makanan pokok mayoritas masyarakat Indonesia, secara tidak langsung berakibat pada peningkatan penggunaan pupuk, termasuk pupuk sintetis Nitrogen (N). Meskipun nitrogen sangat melimpah di atmosfir, namun nitrogen tidak dapat digunakan langsung oleh tanaman. Tanaman dapat memanfaatkan nitrogen di udara dengan bantuan bakteri tanah melalui proses fiksasi alami nitrogen, sehingga kebutuhan nitrogen dapat tercukupi. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengetahui genus bakteri yang memiliki gen nifH dan homologi gen nifH pada bakteri pemfiksasi nitrogen yang berasal dari rhizosfer tanaman padi di daerah pesisir. Tahap pertama adalah dicari bakteri tanah dari berbagai sumber dengan kriteria bakteri rhizosfer tanaman padi di wilayah bersalinitas tinggi, kemudian dikumpulkan data sekuens gen nifH dari situs www.ncbi.nlm.nih.gov lalu disimpan dalam format FASTA. Sekuens-sekuens tersebut dialignment dan dilakukan pendekatan antar spesies berdasarkan phylogenetic tree dengan software Mega-X. Setelah itu dilakukan in silico menggunakan primer yang merujuk penelitian Bürgmann et al, (2003) dengan primer forward nifH-g1-forB dan primer reverse nifH-g1-rev. Berdasarkan phylogenetik tree, terlihat bahwa Acinetobacter sp. dan Paenibacillus durus memiliki homologi yang tinggi dengan A. chroococcum. Acinetobacter sp. dan Paenibacillus durus kemudian di in silico PCR di alamat web http://insilico.ehu.es/PCR/. Namun dari proses tersebut tidak ada band yang teramplifikasi. Genus bakteri yang diketahui memiliki sekuens gen nifH bakteri anggota genus Bacillus, Pseudomonas, Methylobacterium, Paenibacillus, Brevibacterium, Enterobacter, Staphylococcus, Streptomyces, Rhizobium, Pantoea, Bradyrhizobium, Azotobacter, Acinetobacter, dan Aeromonas. Sekuens gen nifH yang dimiliki oleh spesies-spesies dari rhizosfer perakaran padi di pesisir pantai menunjukkan berbagai tingkat homologi gen.
PB  - UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA
KW  - bakteri rhizosfer
KW  -  nifH
KW  -  fiksasi nitrogen
KW  -  salinitas
KW  -  bioinformatika
M1  - skripsi
TI  - KEANEKARAGAMAN SPESIES DAN HOMOLOGI
GEN nifH PADA BAKTERI PEMFIKSASI NITROGEN
YANG BERASAL DARI PERAKARAN PADI (Oryza sativa)
DI DAERAH PESISIR
AV  - restricted
EP  - 74
ER  -