eprintid: 43921
rev_number: 10
eprint_status: archive
userid: 12316
dir: disk0/00/04/39/21
datestamp: 2021-09-07 01:17:05
lastmod: 2021-09-07 01:17:05
status_changed: 2021-09-07 01:17:05
type: thesis
metadata_visibility: show
creators_name: Rizki Aditya Riyanti, NIM.: 13640012
title: KEANEKARAGAMAN SPESIES DAN HOMOLOGI
GEN nifH PADA BAKTERI PEMFIKSASI NITROGEN
YANG BERASAL DARI PERAKARAN PADI (Oryza sativa)
DI DAERAH PESISIR
ispublished: pub
subjects: BB
divisions: jur_bio
full_text_status: restricted
keywords: bakteri rhizosfer, nifH, fiksasi nitrogen, salinitas, bioinformatika
note: Pembimbing : Jumailatus Solihah, M.Biotech
abstract: Padi adalah makanan pokok mayoritas masyarakat Indonesia, secara tidak langsung berakibat pada peningkatan penggunaan pupuk, termasuk pupuk sintetis Nitrogen (N). Meskipun nitrogen sangat melimpah di atmosfir, namun nitrogen tidak dapat digunakan langsung oleh tanaman. Tanaman dapat memanfaatkan nitrogen di udara dengan bantuan bakteri tanah melalui proses fiksasi alami nitrogen, sehingga kebutuhan nitrogen dapat tercukupi. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengetahui genus bakteri yang memiliki gen nifH dan homologi gen nifH pada bakteri pemfiksasi nitrogen yang berasal dari rhizosfer tanaman padi di daerah pesisir. Tahap pertama adalah dicari bakteri tanah dari berbagai sumber dengan kriteria bakteri rhizosfer tanaman padi di wilayah bersalinitas tinggi, kemudian dikumpulkan data sekuens gen nifH dari situs www.ncbi.nlm.nih.gov lalu disimpan dalam format FASTA. Sekuens-sekuens tersebut dialignment dan dilakukan pendekatan antar spesies berdasarkan phylogenetic tree dengan software Mega-X. Setelah itu dilakukan in silico menggunakan primer yang merujuk penelitian Bürgmann et al, (2003) dengan primer forward nifH-g1-forB dan primer reverse nifH-g1-rev. Berdasarkan phylogenetik tree, terlihat bahwa Acinetobacter sp. dan Paenibacillus durus memiliki homologi yang tinggi dengan A. chroococcum. Acinetobacter sp. dan Paenibacillus durus kemudian di in silico PCR di alamat web http://insilico.ehu.es/PCR/. Namun dari proses tersebut tidak ada band yang teramplifikasi. Genus bakteri yang diketahui memiliki sekuens gen nifH bakteri anggota genus Bacillus, Pseudomonas, Methylobacterium, Paenibacillus, Brevibacterium, Enterobacter, Staphylococcus, Streptomyces, Rhizobium, Pantoea, Bradyrhizobium, Azotobacter, Acinetobacter, dan Aeromonas. Sekuens gen nifH yang dimiliki oleh spesies-spesies dari rhizosfer perakaran padi di pesisir pantai menunjukkan berbagai tingkat homologi gen.
date: 2020-09-25
date_type: published
pages: 74
institution: UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA
department: FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
thesis_type: skripsi
thesis_name: other
citation:   Rizki Aditya Riyanti, NIM.: 13640012  (2020) KEANEKARAGAMAN SPESIES DAN HOMOLOGI GEN nifH PADA BAKTERI PEMFIKSASI NITROGEN YANG BERASAL DARI PERAKARAN PADI (Oryza sativa) DI DAERAH PESISIR.  Skripsi thesis, UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA.   
document_url: https://digilib.uin-suka.ac.id/id/eprint/43921/1/13640012_BAB-I_IV-atau-V_DAFTAR-PUSTAKA.pdf
document_url: https://digilib.uin-suka.ac.id/id/eprint/43921/2/13640012_BAB-II_sampai_SEBELUM-BAB-TERAKHIR.pdf