@phdthesis{digilib74288,
           month = {June},
           title = {FUNCTIONAL PROFILING PADA KOMUNITAS BAKTERI KOMBUCHA ANGGUR LAUT (Caulerpa racemosa) SECARA IN SILICO BERDASARKAN DATA SEKUENS GEN 16S rRNA},
          school = {UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA},
          author = {NIM.: 18106040016 Scheirana Zahira Muchtar},
            year = {2025},
            note = {Jumailatus Solihah, S.Si., M.Si.},
        keywords = {In silico, Komagataeibacter, kombucha anggur laut, pathway enzimatik, pathway metabolisme},
             url = {https://digilib.uin-suka.ac.id/id/eprint/74288/},
        abstract = {Kombucha anggur laut adalah produk minuman inovatif yang menggunakan anggur laut sebagai bahan utama, dan memiliki potensi sebagai pangan fungsional. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil fungsional komunitas bakteri pada kombucha anggur laut (Caulerpa racemosa) secara in silico berdasarkan data sekuens gen 16S rRNA. Data yang digunakan merupakan hasil sekuensing pada hari ke-7, 14, dan 21 fermentasi, diperoleh dari penelitian sebelumnya menggunakan platform Illumina MiSeq (PE300) dan dianalisis menggunakan pipeline DADA2 dan PICRUSt2 melalui Galaxy. Analisis dilakukan dalam dua tahap: pertama, konstruksi data ASV dan tabel taksonomi menggunakan DADA2 dengan basis data SILVA 138; kedua, prediksi kelimpahan jalur metabolik menggunakan PICRUSt2 dengan acuan basis data KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) dan MetaCyc. Berdasarkan nilai KO (KEGG Orthology), diperoleh 6 pathway level 1, 35 pathway level 2, dan 155 pathway level 3, dengan kontribusi dominan dari genus Komagataeibacter terutama pada jalur Glycolysis/Gluconeogenesis, Citrate cycle, Alanine, aspartate and glutamate metabolism, dan Biosynthesis of vancomycin. Sementara itu, hasil berdasarkan nilai EC (Enzyme Commission) menunjukkan 1.788 pathway, dengan 30 di antaranya terkait metabolisme asam organik. Komagataeibacter mendominasi metabolisme asetat, glukonat, suksinat, malat, dan sitrat, terutama melalui jalur glukonat dan asetat yang menunjukkan kontribusi tertinggi. Di sisi lain, Lactobacillus mendominasi produksi laktat pada tahap awal fermentasi namun menurun drastis seiring penurunan pH. Temuan ini mencerminkan dinamika transisi dari kondisi fermentatif menuju oksidatif selama proses fermentasi.
Kata kunci: In silico, Komagataeibacter, kombucha anggur laut, pathway enzimatik, pathway metabolisme.}
}