ANALISIS INTERAKSI PROTEIN SPIKE SPESIES CORONAVIRUS DENGAN PROTEIN ACE2 MANUSIA SECARA IN SILICO

Baiq Mira Nurfatihah, NIM. 17106040030 (2021) ANALISIS INTERAKSI PROTEIN SPIKE SPESIES CORONAVIRUS DENGAN PROTEIN ACE2 MANUSIA SECARA IN SILICO. Skripsi thesis, UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA.

Preview	Text (ANALISIS INTERAKSI PROTEIN SPIKE SPESIES CORONAVIRUS DENGAN PROTEIN ACE2 MANUSIA SECARA IN SILICO) 17106040030_BAB-I_IV-atau-V_DAFTAR-PUSTAKA.pdf - Published Version Download (2MB) | Preview
	Text (ANALISIS INTERAKSI PROTEIN SPIKE SPESIES CORONAVIRUS DENGAN PROTEIN ACE2 MANUSIA SECARA IN SILICO) 17106040030_BAB-II_sampai_SEBELUM-BAB-TERAKHIR.pdf - Published Version Restricted to Registered users only Download (2MB)

Abstract

Spesies Coronavirus tercatat telah menyebabkan tiga pandemi berskala besar di dunia yang disebabkan oleh SARS-CoV, MERS-CoV, dan SARS-CoV-2. Ketiga spesies tersebut termasuk dalam subfamili Coronaviridae. Coronavirus menginfeksi sel inangnya melalui protein spike (protein S), pada sel manusia protein S berikatan dengan protein ACE2. Penelitian ini dilakukan untuk melihat kemiripan RNA (cDNA) penyusun protein S spesies Coronaviridae sel inang hewan dengan sel inang manusia, dan untuk melihat potensi pengikatan spesies Coronaviridae sel inang hewan yang memiliki kemiripan protein S tertinggi dengan protein ACE2 pada manusia. Metode multiple sequence aligment dan kontruksi pohon filogenetik dilakukan untuk mengetahui nilai homologis (similarity score) dan kekerabatan terdekat antar protein S dari 40 spesies Coronaviridae. Hasil kontruksi filogenetik didapati 8 spesies dalam subfamili Coronaviridae yang memiliki kekerabatan protein S terdekat dengan spesies Coronavirus sel inang manusia dengan nilai similarity 50-73%. Adapun 8 spesies tersebut adalah Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 (China), China Rattus coronavirus HKU24 (China), Murine coronavirus (Switzerland), Myodes coronavirus 2JL14 (China), NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b (Kenya), Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (China), Hedgehog coronavirus 1 (Germany) dan Tylonycteris bat coronavirus HKU4 (China). Delapan spesies tersebut diuji potensi interaksi antara protein S dengan ACE2 manusia menggunakan metode protein-protein docking. Berdasarkan hasil docking, terjadi ikatan antara 8 spesies Coronavirus tersebut dengan ACE2 manusia dengan jumlah ICs (Inter-residue Contacts) yang bervariasi antara 450-924 kontak dengan nilai binding affinity yang berkisar antara -38,4 kcal mol-1 hingga -63,3 kcal mol-1. Adanya ikatan yang terbentuk menunjukkan adanya kemungkinan 8 spesies Coronavirus tersebut mampu berikatan dengan sel manusia.

Share this knowledge with your friends :

Actions (login required)

View Item