ANALISIS IN SILICO VARIASI GEN PENYANDI RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RDRP) VIRUS DENGUE SEROTIPE 3 DI INDONESIA

Amalia Laila Mutoharoh, NIM: 17106040010 (2023) ANALISIS IN SILICO VARIASI GEN PENYANDI RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RDRP) VIRUS DENGUE SEROTIPE 3 DI INDONESIA. Skripsi thesis, UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA.

Preview	Text (ANALISIS IN SILICO VARIASI GEN PENYANDI RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RDRP) VIRUS DENGUE SEROTIPE 3 DI INDONESIA) 17106040010_BAB-I_IV-atau-V_DAFTAR-PUSTAKA.pdf Download (1MB) | Preview
	Text (ANALISIS IN SILICO VARIASI GEN PENYANDI RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RDRP) VIRUS DENGUE SEROTIPE 3 DI INDONESIA) 17106040010_BAB-II_sampai_SEBELUM-BAB-TERAKHIR.pdf Restricted to Registered users only Download (1MB) | Request a copy

Abstract

Demam Berdarah Dengue (DBD) merupakan infeksi yang disebabkan oleh virus dengue (DENV). Penyakit ini masih menjadi masalah kesehatan global dan merupakan penyakit endemik di lebih dari 100 negara, terutama di daerah tropis dan subtropis. Virus dengue serotipe 3 merupakan serotipe paling dominan diantara keempat serotipe dengue yang ditemukan di berbagai daerah di Indonesia. Dalam penelitian ini protein non-struktural 5 (NS5) akan digunakan sebagai protein target. Protein NS5 dengue merupakan protein paling besar dengan massa molekul 104 kDa yang mengandung 900 residu asam amino dan paling conserved yaitu sekitar 67% asam amino memiliki kemiripan dengan DENV 1-4. Protein ini menyandi RdRp yang berperan pada replikasi RNA virus. Sel manusia tidak memiliki gen penyandi RdRp, sehingga tidak memproduksi enzim RdRp. Dengan demikian, ketika enzim RdRp terdeteksi pada sel manusia artinya terdapat virus penyandi RdRp pada sel manusia, salah satunya virus dengue. Maka jenis enzim ini menjadi salah satu target obat yang paling menjanjikan sebagai antivirus terhadap virus yang menggunakan RNA polimerase untuk replikasi. Remdesivir secara khusus menghambat aktivitas RdRp sehingga dapat dijadikan agen antivirus baru yang melawan Flavivirus. Virus dengue termasuk kedalam golongan flavivirus. Metode yang digunakan adalah metode in silico berbasis bioinformatika. Data sekuens RdRp bersumber dari NCBI Virus dan PDB. Alat yang digunakan meliputi NCBI, MEGA11, BLAST, website RCSB PDB, Swiss-model, software Pymol, dan software PyRx. Hasil penelitian menunjukan bahwa remdesivir dapat berikatan dengan RdRp DENV 3 dari Indonesia dan sekitarnya tetapi tidak berikatan pada Ser710, Arg729 dan Arg737 yang merupakan residu yang menginisiasi replikasi pada RdRp, diduga remdesivir merupakan inhibitor non-kompetitif.

Share this knowledge with your friends :

Actions (login required)

View Item